Ulusal ve uluslararası boyutta bitki koruma sorunlarının çözümüne yönelik bilgi ve tekniklerin üretimine ve yayımına yönelik araştırmalar yapmak, bu sorunların çözümüne katkı koyacak elemanlar yetiştirmektir.

Bölüm misyonunu iki Anabilim Dalı ve çok sayıda bilim dalında sürdürmektedir. Fitopatoloji Anabilim Dalı; Bakteriyoloji, Herboloji, Viroloji, Mikoloji, Biyoteknoloji ve doku kültürü bilim dallarını içermektedir. Entomoloji Anabilim Dalı ise; Entomoloji, Akaroloji, Toksikoloji, Biyolojik mücadele, Nematoloji bilim dallarından oluşmaktadır.