Bitki Koruma Bölümü, bitkisel üretimde ekonomik kayıplara neden olan zararlılar, hastalık etmenleri ve yabacı otların tanılanması, biyolojik ve ekolojik özelliklerinin belirlenmesi, bunların bitkilerle ve birbirleriyle etkileşimi ve ilişkileri yanında bunlarla mekanik, kültürel, fiziksel, kimyasal ve biyolojik savaşım konularında eğitim, öğretim ve araştırma yapılan bir bölümdür. Bölümde entomoloji, fitopatoloji, herboloji, nematoloji, pestisitler ve bunların çevreye olan etkileri, moleküler biyoloji ve biyoteknoloji tekniklerinin bitki koruma alanında kullanılması konularında bilimsel araştırmalar yapılmakta ve bu konularda çalışacak iş gücü yetiştirilmektedir. Bitki Koruma Bölümünde ulusal ve uluslararası kaynaklarca desteklenen birçok araştırma projesi yürütülmektedir. Laboratuar çalışmaları ağırlıklı olarak bolüm bünyesinde bulunan entomoloji, fitopatoloji, biyolojik mücadele, moleküler biyoloji, toksikoloji, doku kültür, nematoloji ve yabancıot laboratuarları ile iklim kabinlerinde yapılmaktadır. Uygulamalı eğitim-öğretim etkinlikleri ve alan çalışmaları ise üniversitemizin merkez yerleşkesinin doğu kısmında bulunan çiftlik arazisinde ve bitki koruma bölümüne ait topraksız tarım serasında yapılmaktadır. Ayrıca 2008 yılında DPT projesi kapsamında yapılan “Biyolojik Savaş Araştırma Uygulama ve Eğitim Merkezi”nde bölüm çalışmaları sürdürülmektedir.